В статье проведён анализ факторов, влияющих на эффективность внутреннего аудита в бюджетных организациях, а также системных проблем, препятствующих его результативности. В исследовании рассмотрено влияние независимости службы внутреннего аудита, уровня профессиональной квалификации и институционального статуса, состояния системы внутреннего контроля, качества финансового управления и достоверности информации на эффективность аудита. Кроме того, изучены вопросы исполнения планов корректирующих мероприятий, мониторинга и слабые стороны системы обратной связи. В качестве эмпирической базы использованы перечень наиболее распространённых нарушений, выявляемых аудиторскими организациями, подготовленный Министерством экономики и финансов Республики Узбекистан, а также результаты оценки деятельности служб внутреннего аудита пяти министерств за первое полугодие 2025 года, проведённой данным министерством. Анализ показал, что, несмотря на высокие оценки по институциональным факторам, таким как независимость, обеспеченность ресурсами и уровень квалификации (87–95%), показатели риск-ориентированного планирования (47,8%) и исполнения планов корректирующих мероприятий (62,6%) остаются низкими, что свидетельствует о наличии именно этих направлений в качестве ключевых системных слабых мест внутреннего аудита. В заключение статьи разработаны практические рекомендации, направленные на повышение эффективности внутреннего аудита